Le perçage vertical est recommandé dans les endroits où l'espace est restreint. Les tuyaux en plastique sont reliés à l'évaporateur de la pompe à chaleur. Le nombre de capteurs dépend des conditions du sol et de la capacité de chauffage souhaitée. Avec ce système, il faut toutefois tenir compte du type de sol. Par exemple, un sol argileux donne de meilleurs résultats qu'un sol sec et sablonneux. Une pompe à chaleur sur nappe phréatique avec capteurs verticaux présente le grand avantage de pouvoir bénéficier d'un meilleur rendement en hiver. En outre, elle nécessite peu d'espace et peut être installée à peu près n'importe où. Un inconvénient possible est le coût d'investissement élevé pour le forage, mais il sera rapidement amorti.